近年來，醫(yī)院已獲各級(jí)課題資助142項(xiàng)，包括國家自然科學(xué)基金、國家“十一五”科技支撐計(jì)劃、衛(wèi)生部科學(xué)研究基金——福建省衛(wèi)生教育聯(lián)合攻關(guān)項(xiàng)目、中國博士后基金等。獲省部級(jí)、市各級(jí)科技進(jìn)步獎(jiǎng)7項(xiàng)，包括教育部科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)、解放軍科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)、省科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)等，并3次獲得廈門市科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)。發(fā)表SCI論文50余篇，主編或參編高等醫(yī)學(xué)教材或?qū)Ｖ?0余部。

醫(yī)院設(shè)有中心實(shí)驗(yàn)室，心臟介入研究室、高血壓研究室、顯微外科研究室、神經(jīng)病學(xué)研究室、腫瘤研究室等20多個(gè)臨床研究室。此外，與廈門大學(xué)共建“福建省神經(jīng)系統(tǒng)疾病重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室”、“廈門市代謝性疾病重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室”等研究機(jī)構(gòu)。2006年通過國家人事部審批，設(shè)立博士后工作站。

2009年，經(jīng)衛(wèi)生部和國家食品藥品監(jiān)督管理局批準(zhǔn)，心血管、內(nèi)分泌、神經(jīng)內(nèi)科、神經(jīng)外科、腎病、風(fēng)濕免疫、醫(yī)學(xué)影像（核醫(yī)學(xué)）、糖尿病等8個(gè)專業(yè)獲得國家藥物臨床試驗(yàn)資格，第二批19個(gè)專業(yè)正在積極申報(bào)中。2010年，檢驗(yàn)科通過國際標(biāo)準(zhǔn)ISO15189醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量與能力認(rèn)可。

廈門市心血管病研究所、廈門市糖尿病研究所設(shè)在我院。神經(jīng)內(nèi)科與廈門大學(xué)生物醫(yī)學(xué)研究院共建“福建省神經(jīng)系統(tǒng)疾病重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室”，糖尿病研究所與廈門大學(xué)生物醫(yī)學(xué)研究所共建“廈門市代謝性疾病重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室”。醫(yī)院投資上千萬元設(shè)備建成先進(jìn)的中心實(shí)驗(yàn)室、心臟介入實(shí)驗(yàn)室、高血壓研究室、腫瘤研究室等20多個(gè)臨床實(shí)驗(yàn)室近兩年獲各級(jí)課題立項(xiàng)100余項(xiàng)，發(fā)表SCI論文40余篇，均居廈門市衛(wèi)生系統(tǒng)首位其中國家自然科學(xué)基金1項(xiàng)，“十一五”國家科技支撐1項(xiàng)。三次獲得廈門市科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)，是廈門市獲得科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)唯一醫(yī)療衛(wèi)生單位。心血管、內(nèi)分泌、神級(jí)內(nèi)科、神級(jí)外科、腎病、風(fēng)濕免疫、醫(yī)學(xué)影像（核醫(yī)學(xué)）、中西醫(yī)結(jié)合糖尿病等8個(gè)專業(yè)獲得“藥物臨床試驗(yàn)機(jī)構(gòu)”資格，成為福建地市級(jí)醫(yī)院首家擁有該資格的醫(yī)療機(jī)構(gòu)。

1991年皮膚科專家張益珠《波氏假性霧樣真菌致皮膚肉芽腫—附電鏡觀察》獲廈門市科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)

2006年獲得人事部批準(zhǔn)設(shè)立博士后工作站，3位研究人員獲得中國博士后科學(xué)基金面上資助。

2006年《肝門部膽管周圍血管叢形態(tài)學(xué)改變對(duì)肝門部膽管及肝臟影響實(shí)驗(yàn)研究》獲市科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)

2008年《胃癌生長(zhǎng)方式、臨床病理特征的分子基礎(chǔ)研究》獲市科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)

獲得藥物臨床試驗(yàn)機(jī)構(gòu)資格，成為福建省地市級(jí)醫(yī)院首家擁有該項(xiàng)資格的醫(yī)療機(jī)構(gòu)。