醫(yī)院已建設(shè)省、市級(jí)科研平臺(tái)35個(gè)，其中6個(gè)省級(jí)平臺(tái)（三家福建省臨床醫(yī)學(xué)研究中心均獲得國(guó)家臨床醫(yī)學(xué)研究中心福建分中心認(rèn)定），獲批23個(gè)市級(jí)科研平臺(tái)，6個(gè)廈門大學(xué)院級(jí)研究所。獲批廈門市唯一的細(xì)胞治療研究中心，獲批成立市首家臨床醫(yī)學(xué)研究院，獲批首批省市級(jí)臨床醫(yī)學(xué)研究中心且獲批數(shù)為廈門首位。已在國(guó)家藥品監(jiān)督管理局備案23個(gè)藥物臨床試驗(yàn)專業(yè)、37個(gè)醫(yī)療器械臨床試驗(yàn)專業(yè)、5個(gè)特殊醫(yī)學(xué)配方食品專業(yè)。目前共獲得國(guó)家、省、市級(jí)課題1357項(xiàng)立項(xiàng)，其中國(guó)家自然科學(xué)基金215項(xiàng)，國(guó)家社會(huì)科學(xué)基金項(xiàng)目1項(xiàng)，國(guó)科金立項(xiàng)總數(shù)位居廈門市醫(yī)療系統(tǒng)首位。2024年，30項(xiàng)國(guó)科金立項(xiàng)數(shù)占據(jù)廈門市衛(wèi)生系統(tǒng)的半壁江山以上，學(xué)術(shù)影響力不斷提高?！翱鼓[瘤新藥臨床評(píng)價(jià)技術(shù)示范性平臺(tái)”獲國(guó)家科技重大專項(xiàng)課題立項(xiàng)，是省醫(yī)療機(jī)構(gòu)首次獲得的國(guó)家科技重大專項(xiàng)課題。連續(xù)3年全國(guó)GCP機(jī)構(gòu)藥物臨床試驗(yàn)量值排行榜綜合醫(yī)院榜前40名，福建省內(nèi)排名第一，獲批仿制藥一致性評(píng)價(jià)項(xiàng)目數(shù)量全國(guó)排名第十。共獲各級(jí)各類科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)91項(xiàng)，其中獲市科技重大貢獻(xiàn)獎(jiǎng)2項(xiàng)，市科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)9項(xiàng)，市科技創(chuàng)新杰出人才獎(jiǎng)5項(xiàng)。2014年-2023年SCI論文數(shù)連續(xù)10年突破100篇，2020年以來(lái)每年SCI論文數(shù)均超過(guò)200篇，目前單篇影響因子最高87.244。

醫(yī)院自2006年設(shè)立福建省地市級(jí)醫(yī)院首家博士后工作站，迄今已培養(yǎng)出站博士后72人，現(xiàn)有在站博士后30人。連續(xù)兩屆獲評(píng)“國(guó)家優(yōu)秀博士后科研工作站”，開(kāi)展臨床博士后培養(yǎng)復(fù)合型人才。2024年4月，經(jīng)人力資源和社會(huì)保障部、全國(guó)博士后管委會(huì)辦公室批準(zhǔn)，廈門大學(xué)附屬第一醫(yī)院獲批成為有獨(dú)立招收資質(zhì)的博士后科研工作站，人才培養(yǎng)與科技創(chuàng)新工作有望再創(chuàng)高峰。